Karşılıksız çek suçu ile ilgili yetkili mahkemeler aşağıda belirtilmiştir.
1-)Müştekinin ikametgahının bulunduğu yer mahkemesi yetkilidir
2-)Çekin ibraz edildiği yer de aynı zamanda yetkilidir. Çek takas için ibraz edilmiş ise, takasa verilen yer değil, karşılığının sorulduğu yer bankası yetkilidir.
3-)Müştekinin ikametgahı mahkemesi, kendisine yapılan şikâyeti yetkisizlik kararına istinaden ibraz edilen yer mahkemesine gönderemez.Doysa soruşturmaya kaydedilmek alternatif bir secilmiştir
4-) 5348 sayılı Kanunla Keşide yeri mahkemelerinin yetkisi kaldırıldığından, karşılıksız çek keşi etmek suçundan dolayı keşide yeri mahkemeleri yetkili değildir.Keşise yerinde bulunan davaların yetkisizlikle 5271 sayılı Ceza Muhakemesi Kanunu'nun 12. maddesi gereğince yetkili merciiye gönderilmesi gerekir